Статья 4. Управление средствами Водоохранного фонда. Распорядителем средств Водоохранного фонда является уполномоченный Правительством Московской области центральный исполнительный орган государственной власти Московской области.

Расходование средств Водоохранного фонда осуществляет распорядитель средств по утверждаемому Московской областной Думой бюджету Водоохранного фонда на финансирование мероприятий по рациональному использованию, восстановлению и охране водных объектов в соответствии с областными целевыми программами.
Проекты бюджета Водоохранного фонда на следующий финансовый год и отчета об исполнении бюджета Водоохранного фонда за истекший финансовый год представляются Губернатором Московской области на утверждение Московской областной Думе в виде проектов законов Московской области в порядке и в сроки, установленные Законом Московской области "О бюджетном устройстве и бюджетном процессе в Московской области".
Порядок финансирования мероприятий за счет средств Водоохранного фонда утверждается Правительством Московской области.